Čištění a dezinfekce studní či vrtů se často velmi podceňuje, a to i přesto, že usazené nečistoty mohou negativně ovlivnit kvalitu vody. Především u starších studní doporučujeme čištění a dezinfekci včetně kontroly stavu studny a případné provedení oprav.

U studní dochází k tzv. přírodnímu znečištění. Voda s sebou neustále splavuje různé mechanické nečistoty jako je písek, jíl, bahno a koloidní látky např. pyl, prach, jemně rozptýlené anorganické a organické částice, plankton, a jiné mikroskopické organismy. Tyto nečistoty, látky a částice spolu s manganem a železem, které je běžnou součástí přírodních vod, vytváří ve studni sedimenty, stěnové usazeniny a dnové kaly, jež podporují tvorbu řas, bakterií a plísní. To vše má negativní vliv nejen na kvalitu vody, ale také na vydatnost zdroje.